č.j.: 30 293 / 2002-31

Metodika programu LS „Výzkum pro státní správu“

II. Postup, dokumentace a pokyny k formulářům projektů programu LS „Výzkum pro státní správu“
A. Postup výběru témat veřejných zakázek a vyhlášení soutěže/zadání veřejné zakázky (viz. článek 5 až 9b části I metodiky)
Výběr témat veřejných zakázek na poli ministerstva se provádí podle následujícího postupu:
1.	Požadavek na vyhlášení obchodní veřejné soutěže nebo jiný způsob zadání veřejné zakázky se vznáší na úrovni skupiny ministerstva jeho projednáním na poradě náměstka s řediteli skupiny (gremiální porady). 
2.	Pověřený útvar (sekce, odbor, oddělení,…) skupiny, který požadavek na provedení výzkumu vznáší, vypracuje téma ve formě podrobného zadání výzkumu (dále jen „návrh zadání“) v rozsahu cca jedné tiskové strany. Součástí zadání musí být podrobný popis předmětu a způsobu provedení požadovaného výzkumu, definování požadovaného výstupu výzkumu, termíny požadovaného výstupu výzkumu, stanovení nejvyšší přijatelné ceny za provedený výzkum a jméno odpovědného pracovníka tohoto útvaru, pověřeného odborným posuzováním a hodnocením předložených nabídek na provedení výzkumu a oponováním požadovaných výstupů výzkumu (dále jen „gestor“). Pokud je známa organizace, která by výzkum mohla provést, uvedou se její kontaktní údaje. V příloze zadání musí být zdůvodněna potřebnost požadovaných výstupů výzkumu pro ministerstvo a konkrétní způsoby jejich využití ministerstvem jako podklad pro rozhodnutí o vyhlášení obchodní veřejné soutěže nebo o jiném způsobu zadání veřejné zakázky.
3.	Po projednání návrhu zadání na gremiální poradě skupiny bude prostřednictvím gestora informován odbor 31 – odbor programů výzkumu a vývoje, kterému zabezpečování realizace programů výzkumu a vývoje kompetenčně přísluší, tj. zadavatel/administrátor. 
4.	Zadavatel posoudí, zda se jedná o projekt výzkumu a vývoje, návrh zadání upraví a doplní s ohledem na platné předpisy a konečné zadání předloží poradě náměstků ke schválení. 
5.	Po schválení návrhu poradou náměstků zadavatel zajistí zadání veřejné zakázky v souladu s platným zněním zákona č. 199/1994 Sb., o zadávání veřejných zakázek, ve znění pozdějších předpisů. Na základě takto provedeného zadání veřejné zakázky, tj. dle zákona č. 199/1994 Sb., o zadávání veřejných zakázek, poskytne poskytovatel/zadavatel účelovou podporu.
6.	Termíny k předkládání návrhů témat se nestanovují neboť z charakteru věci vyplývá, že potřeba vyřešit výzkumný problém formou zadání a plnění veřejné zakázky může nastat kdykoliv během kalendářního roku. 
7.	Počet výzkumných projektů řešených v programu výzkumu a vývoje LS „Výzkum pro státní správu“ je omezen objemem disponibilních prostředků vyčleněných pro tento program.
8.	Řešení projektů nelze zahajovat z administrativních a finančních důvodů v posledním čtvrtletí roku.
Poznámka: Odpovědnost za věcnou správnost návrhu zadání a opodstatněnost řešení projektu nese skupina ministerstva, která vznesla požadavek na vyhlášení obchodní veřejné soutěže nebo jiný způsob zadání veřejné zakázky. Odpovědnost zadavatele/administrátora a gestora řeší článek 9b části I metodiky.

B. Zadávací dokumentace, podávání návrhu projektu na zpracování veřejné zakázky (viz. článek 10 až 12 části I metodiky)
1.	Zadávací dokumentace je souhrn údajů a informací nezbytných pro zpracování nabídky.  Zadavatel ji poskytuje na vyžádání zájemcům o veřejnou zakázku. Součástí zadávací dokumentace musí být technické podmínky veřejné zakázky určující požadavky na jakost a technické vlastnosti předmětu veřejné zakázky. Součástí zadávací dokumentace musí být i  jednoznačné vymezení množství a druhu požadovaných prací, dodávek nebo služeb. Za  úplnost a správnost údajů obsažených v zadávací dokumentaci odpovídá zadavatel.
2.	Zadávací dokumentace musí být vypracována v souladu se zákonem, příslušnými nařízeními vlády a touto metodikou pro potřeby ministerstva. 
3.	Součástí zadávací dokumentace jsou formuláře, jež mají být vyplňovány elektronicky, přičemž formuláře zpracované uchazečem a předávané na technickém nosiči dat a v papírové formě se nesmí obsahově navzájem lišit.
4.	Návrh projektu se tedy skládá z formulářů F1, které jsou uloženy v souboru LS03_Formulare.xls a formulářů F3, které jsou uloženy v souboru LS03_Zduvodneni.rtf. Formuláře jsou dále vnitřně členěny do oddílů. Pokyny pro vyplnění formulářů F1 a formulářů F3 jsou uloženy v souboru LS03ctimne.rtf, kde je připojen i číselník vědních oborů CEP pro snazší a rychlejší vyplnění formulářů uchazečem. Formuláře pro podání návrhu projektu na zpracování veřejné zakázky (blíže viz. část III metodiky):
•	Hlavní tabulka (data o navrhovaném projektu programu LS) – Formulář F1.
•	Tabulka příjemce předkládajícího návrh projektu – Formulář F1_1.
•	Tabulka dalšího příjemce - Spolupříjemce – Formulář F1_2.
•	Zdůvodnění návrhu projektu – Formulář F3A.
•	Řešitel a spoluřešitelé – Formulář F3B.
•	Podrobné zdůvodnění jednotlivých položek návrhu rozpočtu projektu – Formulář F3C.
•	Příloha - Prohlášení – Formulář F3D.
C. Výběr nejvhodnější nabídky, uzavření smlouvy s uchazečem (viz. článek 13 až 26 části I metodiky)
1.	Předložené nabídky zadané dle § 49b zákona č. 199/1994 Sb., o zadávání veřejných zakázek, tzn. pokud půjde o veřejnou zakázku malého rozsahu, kdy zadavatel rozhodl o přímém zadání veřejné zakázky, zpracuje zadavatel/administrátor podle zákona a prováděcích předpisů, a to zejména z hlediska posouzení úplnosti nabídky a doložení nezbytných náležitostí, v čemž mu je nápomocna komise pro otevírání obálek s nabídkami; pro posouzení věcné úplnosti nabídky (návrhu projektu) si administrátor vyžádá stanovisko gestora. Pokud nebude veřejná zakázka zadávána postupem podle § 49b zákona, ustanoví zadavatel v souladu se zákonem č. 199/1994 Sb., o zadávání veřejných zakázek, komisi pro otevírání obálek s nabídkami a komisi pro posouzení a hodnocení nabídek (viz. Příkaz ministryně školství, mládeže a tělovýchovy č. 10/2002, k zadávání veřejných zakázek). 
2.	V případě, že vybraná nabídka - zadaná dle § 49b zákona č. 199/1994 Sb., o zadávání veřejných zakázek, splnila všechny stanovené požadavky a gestor se k nabídce vyjádřil kladně, informuje o tom zadavatel náměstka skup. 3 a připraví podklady pro uzavření smlouvy o poskytnutí podpory či pro vydání rozhodnutí o poskytnutí podpory.
3.	U veřejných zakázek zadávaných dle § 49 a § 49a zákona č. 199/1994 Sb., o zadávání veřejných zakázek, budou jmenovány členy komise pro posouzení a hodnocení nabídek nejméně tři osoby s příslušnou odbornou způsobilostí. 
4.	Složení členů komise pro posouzení a hodnocení nabídek: 2 osoby z odboru 31 – odbor programů výzkumu a vývoje, 1 osoba z odboru 40 – odbor rozpočtu kapitoly školství, 1 osoba ze skupiny II - skupina regionálního školství, 1 osoba ze skupiny III - skupina vědy a vysokého školství a 1 osoba ze skupiny V - skupina mládeže a tělovýchovy. V případě vyššího počtu členů komise bude činit počet odborně způsobilých osob nejméně 60 % z celkového počtu členů komise. 
5.	Členové komise a jejich náhradníci nesmí být ve vztahu k veřejné zakázce a k uchazečům podjatí; zejména se nesmí podílet na zpracování nabídky, nesmí mít osobní zájem na zadání příslušné veřejné zakázky a s uchazeči je nesmí spojovat osobní ani pracovní či jiný obdobný poměr. O své nepodjatosti učiní člen komise i náhradník písemně čestné prohlášení zadavateli na počátku prvního jednání komise.
6.	Při posuzování a hodnocení nabídek komise přihlíží k oponentskému posudku gestora daného projektu a oponentskému posudku odborníka, pracujícího mimo ministerstvo (tohoto odborníka jmenuje zadavatel/administrátor a hradí výdaje spojené s vypracováním daného oponentského posudku na základě sjednání pracovně-právního vztahu).
7.	Pokud komise při posuzování a hodnocení nabídek využije dalších přizvaných odborníků, nesmí být tyto osoby rovněž podjaty a jsou povinny zachovávat mlčenlivost o záležitostech, o nichž se dozvěděly v souvislosti s výkonem své funkce.
8.	Komise může při posuzování a hodnocení nabídek opravit zjevné početní chyby v nabídce,  které nemají vliv na nabídkovou cenu.
9.	Na základě posouzení nabídek z hlediska obsahového splnění podmínek soutěže a ověření souladu postupu uchazeče se zásadami ochrany hospodářské soutěže, komise navrhne  zadavateli vyřazení nabídek, které uvedeným požadavkům nevyhoví. Rozhodnutí o vyloučení příslušného uchazeče ze soutěže přísluší zadavateli (u programu LS rozhoduje o vyloučení příslušného uchazeče ze soutěže porada náměstků na základě doporučení zadavatele). Toto rozhodnutí je zadavatel povinen bezodkladně příslušnému uchazeči sdělit.
10.	Uchazeč, který byl ze soutěže vyloučen, může požádat zadavatele o sdělení důvodu jeho rozhodnutí. Zadavatel je povinen bezodkladně důvod vyloučení uchazeči sdělit.
11.	Jsou-li po posouzení všechny nabídky vyřazeny, zadavatel soutěž zruší.
12.	Po posouzení, popřípadě vyřazení nabídek přistoupí komise k hodnocení zbývajících nabídek podle zveřejněného způsobu hodnocení. Na základě hodnocení sestaví komise pořadí nabídek. 
13.	Komise pořídí o posouzení a hodnocení nabídek zprávu, která obsahuje:
a)	údaje o složení komise,
b)	přehled nabídek s uvedením příslušného uchazeče, které komise převzala od zadavatele k posouzení,
c)	výsledek posouzení jednotlivých nabídek,
d)	stanovisko (závěry posouzení) gestora a vybraného odborníka, pracujícího mimo ministerstvo,
e)	při využití dalších osob (přizvaní odborníci) závěry jejich posouzení,
f)	seznam nabídek, které komise po posouzení navrhla zadavateli k vyřazení ze soutěže,
g)	seznam nabídek, které komise hodnotila,
h)	stručný popis způsobu hodnocení nabídek,
i)	výsledek hodnocení jednotlivých nabídek a zdůvodnění výběru nejvhodnější nabídky,
j)	pořadí nabídek sestavené podle výsledku hodnocení.
14. Zprávu o posouzení a hodnocení nabídek, kterou komise pořídí, podepisují všichni členové  komise  a  předají ji s veškerou předchozí dokumentací o zadání veřejné zakázky zadavateli. Komise tím končí svou činnost. Po předání zprávy zadavateli musí zadavatel na požádání umožnit všem uchazečům, jejichž nabídky byly posuzovány a hodnoceny, do zprávy nahlédnout. 
15. O výsledku hodnocení nabídek informuje zadavatel věcně příslušného náměstka skupiny. 
16. Zadavatel je povinen na základě posouzení a hodnocení nabídek komisí rozhodnout o výběru nejvhodnější nabídky, pokud si v podmínkách soutěže nevyhradil právo odmítnout všechny předložené nabídky (u programu LS rozhoduje o výběru nejvhodnější nabídky porada náměstků na základě doporučení zadavatele). Nejvhodnější nabídkou se rozumí nabídka nejlépe splňující kritéria vymezená zadavatelem v podmínkách soutěže. 
17. Jestliže rozhodnutí zadavatele o výběru nejvhodnější nabídky neodpovídá pořadí nabídek  podle provedeného hodnocení komise, je zadavatel povinen své rozhodnutí písemně zdůvodnit. Rozhodnutí o výběru nejvhodnější nabídky, včetně zdůvodnění v případě odchylného  stanoviska od hodnocení komise, zadavatel přiloží ke zprávě o posouzení a hodnocení nabídek. 
18. V případě, že nabídka splnila všechny stanovené požadavky, oponenti se k nabídce vyjádřili kladně a porada náměstků souhlasila s výběrem této nabídky jako nejvhodnější, připraví zadavatel podklady pro uzavření smlouvy o poskytnutí podpory či pro vydání rozhodnutí o poskytnutí podpory. Vybraného uchazeče je zadavatel navíc povinen vyzvat k předložení dokladů podle článku 8c části I metodiky. Nesplní-li uchazeč tuto povinnost nejpozději do 3 dnů před uplynutím lhůty pro uzavření příslušné smlouvy, musí ho zadavatel vyloučit ze soutěže a vyzvat dalšího v pořadí, nejvýše však třetího.
19.  S uchazečem, jehož nabídka byla vybrána jako nejvhodnější, je zadavatel povinen uzavřít  příslušnou smlouvu do 30 dnů od uplynutí zadávací lhůty vyhlášené v podmínkách soutěže. O tuto dobu se prodlužuje lhůta, po kterou je vybraný uchazeč svou nabídkou vázán. Současně se prodlužuje zadávací lhůta uchazečům umístěným ve druhém a třetím pořadí, a to až do doby vyplývající z článku 26 části I metodiky.
20. Zadavatel/administrátor zpracuje údaje o vybraném projektu programu LS „Výzkum pro státní správu“ pro databázi CEP dle nařízení vlády č. 267/2002 Sb., nařízení vlády o informačním systému výzkumu a vývoje (článek 31, 35 a 36 části I metodiky).
21. Po podpisu příslušné smlouvy a předání údajů do databáze CEP předá administrátor údaje pro financování projektu odboru 10 – odbor správce rozpočtu (úsek 10/3 – úsek správy rozpočtu vysokých škol, vědy a výzkumu) a následně odboru 30 – odbor vysokých škol (oddělení 302 - oddělení financování vědy a vysokého školství).
D. Poskytnutí a použití účelové podpory výzkumu a vývoje z veřejných prostředků (viz. článek 2 až 4 a článek 27 části I metodiky)
1.	Účelová podpora veřejné zakázky je poskytována z výdajů na výzkum a vývoj poskytovatele, který je jediným uživatelem výsledků.
2.	Poskytovatel poskytne příjemci účelovou podporu výzkumu a vývoje z veřejných prostředků (dále jen „účelová podpora“), jestliže:
a)	poskytovatel rozhodl o výsledku veřejné zakázky ve výzkumu a vývoji podle zákona č. 199/1994 Sb., o zadávání veřejných zakázek, ve znění pozdějších předpisů a bylo uchazeči doručeno oznámení poskytovatele o výběru nejvhodnější nabídky nebo rozhodnutí poskytovatele o přímém zadání veřejné zakázky malého rozsahu nebo výzva jednomu zájemci o veřejnou zakázku k podání nabídky,
b)	byla prokázána způsobilost vybraného uchazeče podle zákona č. 199/1994 Sb., o zadávání veřejných zakázek, ve znění pozdějších předpisů,
c)	byla uzavřena smlouva o poskytnutí účelové podpory (dále jen „smlouva o poskytnutí podpory“) nebo smlouva k provedení veřejné zakázky podle zvláštního právního předpisu (dále jen „smlouva o poskytnutí podpory“) nebo vydáno rozhodnutí o poskytnutí účelové podpory (dále jen „rozhodnutí o poskytnutí podpory“),
d)	byly předány platné údaje o projektu výzkumu a vývoje do informačního systému výzkumu a vývoje a potvrzeny provozovatelem a správcem datových prvků a číselníků informačního systému výzkumu a vývoje podle článku 36 odst. 9 části I metodiky.
3.	Účelovou podporu může příjemce užít výhradně způsobem, který je v souladu s uznanými náklady projektu uvedenými v návrhu projektu a schválenými poskytovatelem ve veřejné  soutěži ve výzkumu a vývoji (dále jen „uznané náklady“). Tento projekt je včetně uvedení uznaných nákladů nedílnou součástí smlouvy o poskytnutí podpory nebo rozhodnutí o poskytnutí podpory. 
4.	Podíl výše účelové podpory na uznaných nákladech u projektů výzkumu a vývoje pro potřeby poskytovatele, který je jediným uživatelem jeho výsledků, může činit až 100 %.
5.	Podpora musí být poskytnuta v souladu s Národní politikou výzkumu a vývoje České republiky.
E. Sledování průběhu řešení, ukončování projektů  a kontrola (viz. článek 32 až 34 části I metodiky)
1.	Hodnocení řešení projektu provádí poskytovatel prostřednictvím zadavatele (administrátora) a gestora v průběžném, resp. závěrečném oponentním řízení (dále jen „oponentní řízení“), a to na základě předložené průběžné, resp. závěrečné zprávy o řešení projektu příjemcem. 
2.	V oponentním řízení se ověřuje a hodnotí průběh, výsledky a splnění cílů řešení projektu stanovených smlouvou a posuzuje se správnost a účelnost využití finančních prostředků.
3.	Oponentní řízení je podle svého účelu průběžné nebo závěrečné. Účelem těchto oponentních řízení je souhrnné ověření a zhodnocení průběhu, výsledků a splnění cílů řešení projektu stanovených smlouvou pro danou časovou etapu/za celou dobu řešení projektu a celkové posouzení správnosti a účelnosti využití finančních prostředků.
4.	Formuláře pro sledování průběhu řešení a ukončování projektů programu LS (blíže viz. část III metodiky; soubor LS03_Zaver.doc):
•	Průběžná / Závěrečná zpráva o realizaci projektu – Formulář FA.
•	Podrobná specifikace a zdůvodnění jednotlivých položek finančních prostředků projektu čerpaných v roce … - Formulář FB.
•	Zápis z průběžného / ze závěrečného oponentního řízení – Formulář FC.
•	Tisková zpráva – Formulář FD.
•	Hodnocení průběhu řešení projektu oponentem – Formulář FE.
5.	Oponovaným dokumentem v průběžném, resp. závěrečném oponentním řízení je tedy příslušná zpráva a výsledky řešení projektu, tzn.:
a)	u závěrečného oponentního řízení je základním oponovaným dokumentem závěrečná zpráva zpracovaná na formulářích FA, FB a výsledky řešení projektu,
b)	u průběžného oponentního řízení jsou oponovanými dokumenty průběžná zpráva o řešení projektu, zpracovaná na formulářích FA, FB a průběžné výsledky řešení projektu.
6.	Počet členů oponentní rady stanoví příjemce po konzultaci s administrátorem podle rozsahu a náročnosti příslušného oponovaného projektu (nejméně však sedm včetně oponentů). Oznámení o termínu konání oponentního řízení a seznam navrhovaných členů oponentní rady musí zadavatel a gestor obdržet od příjemce nejpozději jeden měsíc před jeho konáním. Členy příslušného oponentního řízení schvaluje zadavatel (administrátor), jmenuje je pak příjemce.
7.	Členy oponentní rady jsou jmenováni významní odborníci, kteří mají předpoklady ke kvalifikovanému a objektivnímu posouzení výsledků řešení projektu a k posouzení účelnosti využití finančních prostředků, dále odborníci - uživatelé výsledků řešení projektu a další odborníci.
8.	Člen oponentní rady nesmí:
a)	spolupracovat na řešení projektu,
b)	být v příbuzenském vztahu k řešiteli,
c)	být v antagonistickém vztahu k řešiteli.
9.	Pokud se na oponentní řízení dostaví zástupce poskytovatele, tj. zadavatel/administrátor, vykonává funkci předsedy oponentní rady. V případě nepřítomnosti zadavatele/ administrátora vykonává funkci předsedy gestor.
10.	Jestliže se nedostaví administrátor ani gestor, pak se oponentní řízení nekoná.
11.	Zadavatel/administrátor ve spolupráci s gestorem jmenuje nejméně dva oponenty a vyzývá je k vypracování oponentských posudků, tj. k posouzení výsledků a splnění cílů řešení projektu stanovených smlouvou a k posouzení účelnosti využití finančních prostředků. 
12.	Dalším z oponentů je vždy gestor nebo jím jmenovaná osoba. 
13.	Oponent je vždy členem oponentní rady.
14.	Oponenty nemohou být zaměstnanci příjemce nebo jedné právnické osoby. Za vypracování oponentských posudků náleží oponentům odměna na základě dohody o provedení práce podle zvláštních předpisů. Odměna za vypracování posudku nenáleží zaměstnancům poskytovatele.
15.	Na příslušný projekt vypracuje oponent k průběžné, resp. závěrečné zprávě oponentský posudek písemnou formou a své stanovisko zdůvodní. 
16.	V oponentském posudku se uplatní zejména tato kritéria hodnocení:
a)	průběh a výsledky řešení projektu,
b)	splnění cílů řešení projektu stanovených smlouvou,
c)	využitelnost a využití výsledků řešeného projektu,
d)	odborná úroveň projektu,
e)	účelnost využití finančních prostředků a dodržení schváleného detailního rozpočtu projektu.
17.	Oponentské posudky musí být doručeny v písemné či elektronické podobě zadavateli/admistrátorovi a příjemci nejméně 3 dny před konáním příslušného oponentního řízení.
18.	Vlastní hodnocení řešení projektu, tzn. průběžné, resp. závěrečné oponentní řízení, pak sleduje splnění cílů stanovených smlouvou. Hlavní kritéria tohoto hodnocení, pokud při vyhlášení programu není stanoveno jinak, jsou:
a)	stav řešení projektu,
b)	zajištění řešení projektu po stránce odborné a personální,
c)	dosažení dílčích nebo konečných cílů řešení projektu,
d)	využitelnost výsledků řešení projektu (zejména u závěrečné zprávy),
e)	vyhodnocení hospodaření s finančními prostředky, 
f)	návrh rozpočtu na další období (pouze u průběžné zprávy),
g)	předpoklady celkového časového a věcného splnění úkolu (pouze u průběžné zprávy).
19.	V hodnocení řešení projektů se klasifikuje dosažení cílů jako úplné, částečné nebo nedostatečné. Na základě průběžného hodnocení projektu může být příjemci doporučena úprava finančních prostředků pro další rok řešení. Pokud je zpráva o řešení projektu shledána neuspokojivou, má poskytovatel - prostřednictvím zadavatele - právo vyžádat si od příjemce další informace, event. provést kontrolu přímo na pracovišti řešitele či spoluřešitelů.
20.	U každého projektu se provádí podrobná kontrola čerpání prostředků na řešení projektu, která je zaměřena na účelnost jejich vynaložení a rámcové dodržení jejich skladby. Kontrolu jsou oprávněni provádět poskytovatel prostřednictvím zadavatele/administrátora či gestora a jimi pověřené osoby nebo orgány. Přidělením finančních prostředků příjemci a provedenou kontrolou ze strany poskytovatele není dotčeno oprávnění územních finančních orgánů provádět kontrolu využití finančních prostředků.
21.	Orgány poskytovatele mají právo provádět kontroly průběhu řešení projektu a efektivnosti využívání prostředků kdykoliv v průběhu realizace projektu i po jeho ukončení.
22.	Prokáže-li se v průběhu řešení projektu, že se vyskytly závažné nedostatky, má gestor právo navrhnout zadavateli pozastavit řešení projektu, a to až do odstranění veškerých nedostatků, nebo ukončit řešení takového projektu včetně jeho financování. Při ukončení řešení projektu je řešitel povinen zpracovat do 30 dnů závěrečnou zprávu o řešení projektu a prostřednictvím příjemce ji neprodleně předložit zadavateli.
E.1.  Průběžná, resp. závěrečná zpráva o řešení projektu
1.	Řešitel projektu je povinen v každém roce řešení projektu vypracovat a předat zadavateli průběžnou zprávu a v posledním roce řešení projektu zprávu závěrečnou. Závěrečná zpráva shrnuje činnosti spojené s řešením projektu a informuje o dosažených výsledcích řešení projektu. Její součástí je i zpráva o hospodaření s finančními prostředky. Zpráva musí být řešitelem vypracována jako celek, tj. souhrnně i za event. spoluřešitele.
2.	Průběžná, resp. závěrečná zpráva (dále jen „zpráva”) obsahuje rozbor skutečností o průběhu a výsledcích řešení projektu za příslušný kalendářní rok řešení projektu (v příp. závěrečné zprávy za celé období řešení projektu) a zpracovává se na formuláři FA podle následující kritérií, která současně slouží pro její hodnocení:
a)	postup a metody práce při řešení projektu, 
b)	zhodnocení výsledků a plnění cílů projektu,
c)	dosažení etapových cílů řešení projektu,
d)	stručná zpráva o průběhu event. zahraničních cest,
e)	různé (publikace, sdělení, přednášky, zprávy a případné další výstupy atp.),
f)	zdůvodnění event. změn v řešení projektu oproti návrhu projektu a smlouvě. 
3.	V závěrečné zprávě není nutné opakovat údaje obsažené v průběžných zprávách, postačí jejich shrnutí. Za zpracování závěrečné zprávy odpovídá příjemce i za event. spolupříjemce. 
4.	Zprávu podepisuje řešitel a statutární orgán, popř. jiný oprávněný zástupce příjemce projektu. 
5.	Zpráva je zpravidla (závěrečná zpráva vždy) hodnocena v průběžném, resp. závěrečném oponentním řízení. 
6.	Projednání výsledků řešení projektu v oponentním řízení zajistí příjemce projektu ve spolupráci se zadavatelem/administrátorem a gestorem. 
7.	Průběžnou zprávu spolu se závěry oponentního řízení (pokud bylo konáno) předkládá zadavateli příjemce projektu ve dvou vyhotoveních do 30. listopadu daného kalendářního roku.
8.	Součástí závěrečné zprávy je tisková zpráva o dosažených výsledcích řešení projektu v češtině v publikovatelné formě v rozsahu max. 254 znaků (formulář FD). Příjemce tuto zprávu vhodným způsobem zveřejňuje.
9.	Závěrečnou zprávu o řešení projektu předkládá zadavateli příjemce ve dvou vyhotoveních do 30. listopadu příslušného kalendářního roku, v němž končí doba řešení projektu nebo k datu stanovému ve smlouvě na řešení projektu 
10.	Zprávu není přípustné zasílat faxem.
E.2. Zpráva o hospodaření s finančními prostředky na řešení projektu 
1.	Součástí zprávy je zpráva o hospodaření s finančními prostředky projektu. Pro její zpracování se využije formulář FB, kde se uvede skutečné čerpání finančních prostředků na řešení projektu za příslušný kalendářní rok, včetně specifikace neinvestičních výdajů, skutečně odpracovaných hodin na řešení projektu a podrobného zdůvodnění čerpání uvedených nákladů.
2.	V komentáři k jednotlivým položkám je nutné zdůvodnit:
a)	přesun v jednotlivých nákladových položkách, pokud k němu došlo se souhlasem zadavatele/administrátora,
b)	nákupy (vč. literatury a softwaru),
c)	zahraniční cesty financované z prostředků projektu, jejich význam a zhodnocení,
d)	rozpis položek za další služby a jak byly vykalkulovány.
3.	Pokud se na řešení projektu podílejí spolupříjemci, pak se příslušné zprávy vypracovávají jednotlivě za příjemce a za každého spolupříjemce. 
E.3. Organizace průběžného, resp. závěrečného oponentního řízení
1.	Průběžné, resp. závěrečné oponentní řízení organizuje příjemce ve spolupráci se zadavatelem/administrátorem projektu a gestorem.
2.	Příjemce odpovídá za včasnou přípravu a organizaci oponentního řízení, a to včetně zajištění písemných podkladů zejména oponovaných dokumentů.
3.	Členům oponentní rady náleží cestovní náhrady spojené s účastí na tomto řízení na základě sjednání pracovně-právního vztahu podle zvláštních předpisů. Netýká se zaměstnanců poskytovatele.
4.	Náklady spojené s průběžným, resp. závěrečným oponentním řízením hradí příjemce.
5.	Smlouva, oponované dokumenty, oponentské posudky a příp. další písemné podklady a vyjádření musí být k dispozici účastníkům oponentního řízení nejpozději dvacet dnů před termínem oponentního řízení. Nedodržení této podmínky může být důvodem k odložení termínu oponentního řízení. 
6.	Zadavatel si může k závěrečnému oponentnímu řízení vyžádat i další písemné podklady a vyjádření, potřebné pro objektivní posouzení výsledků řešení projektu a posouzení správnosti a účelnosti využití finančních prostředků.
7.	Z průběžného, resp. závěrečného oponentního řízení se pořídí zápis, a to následujícím způsobem. Ve formuláři FC se uvedou základní informace o oponentním řízení a konkrétní údaje o průběhu, výsledcích, splnění jednotlivých cílů řešení projektu stanovených smlouvou a využití finančních prostředků (pouhé konstatování, že např. cíle byly splněny a finanční prostředky účelně využity dle smlouvy, není postačující).
E.4. Zásady průběžného oponentního řízení k projektům LS výzkumu a vývoje
1.	V průběžném oponentním řízení je hodnocena určitá uzavřená etapa řešení projektu, zpravidla kalendářní rok. Jeho cílem je ověřit a zhodnotit dosavadní postup a výsledky řešení projektu z hlediska cílů stanovených pro danou časovou etapu řešení projektu a posoudit správnost a účelnost dosavadního využití finančních prostředků, popřípadě upřesnit další postup řešení projektu z věcných, časových a finančních hledisek.
2.	Průběžné oponentní řízení se uskutečňuje v závěru každého kalendářního roku řešení projektu a dále vždy v případě, že zadavatel, příjemce nebo řešitel projektu považuje za nezbytné provést zásadní změnu v rámci řešení projektu, v rozpočtu nebo zásadní změnu ve smlouvě.
3.	Pokud průběžné oponentní řízení dojde k závěru, že další pokračování projektu není účelné, potom se toto oponentní řízení považuje za závěrečné.
4.	Řešení projektu je vždy zakončováno závěrečným oponentním řízením. Toto oponentní řízení musí být provedeno tak, aby příjemce projektu mohl předložit zadavateli závěrečnou zprávu, doklady o využití finančních prostředků a závěry oponentního řízení v termínu před ukončením řešení projektu stanoveným smlouvou.	
E.5. Průběh závěrečného oponentního řízení k projektům LS výzkumu a vývoje
1.	Účastníky závěrečného oponentního řízení jsou:
a)	zadavatel/administrátor,
b)	gestor,
c)	oponenti,
d)	zástupce příjemce,
e)	řešitel (spoluřešitelé) projektu.
2.	Závěrečné oponentní řízení je s výjimkou jednání a hlasování členů oponentní rady veřejně přístupné, pokud zvláštní předpisy nestanoví jinak.
3.	Závěrečné oponentní řízení má zpravidla tento průběh:
a)	úvodní část, zaměřenou na informace o skutečnostech doplňujících předložené oponované dokumenty, popř. na informace o dalších písemných podkladech a vyjádřeních,
b)	seznámení přítomných s oponentskými posudky,
c)	sdělení stanoviska řešitele projektu k posudkům oponentů, zejména k námitkám, připomínkám a dotazům,
d)	zhodnocení
i)	zda finanční prostředky byly využívány v souladu s platnými předpisy, 
ii)	zda finanční prostředky byly využívány v souladu s příslušnou smlouvou,
iii)	správnosti zúčtování finančních prostředků na základě kopií účetních dokladů podle zvláštních předpisů,
e)	veřejnou rozpravu k problematice,
f)	neveřejné jednání a hlasování členů oponentní rady, 
g)	vypracování závěrů oponentního řízení s odůvodněním podle kritérií uvedených výše a s doporučením či nedoporučením doplatit prostředky určené smlouvou příjemci.
4.	Oponentní rada je usnášeníschopná, jsou-li při schvalování závěrů přítomny nejméně dvě třetiny jejích členů.
5.	Závěry ze závěrečného oponentního řízení schvaluje oponentní rada při závěrečném neveřejném hlasování; závěry jsou přijaty, hlasuje-li pro ně nadpoloviční většina přítomných. V případě rovnosti hlasů rozhoduje hlas předsedy oponentní rady. Výsledné stanovisko závěrečného oponentního řízení podepíše předseda i všichni členové oponentní rady.
6.	Závěry ze závěrečného oponentního řízení jsou po schválení z hlediska účelu oponentního řízení konečné a formou zápisu na formuláři FC jsou uschovány v dokumentaci zadavatele v souladu se spisovým a skartačním řádem.
F. Kontrola
1.	Kontrolu jsou oprávněni provádět poskytovatel prostřednictvím zadavatele/administrátora či gestora a jimi pověřené osoby nebo orgány. Orgány poskytovatele mají právo provádět kontroly průběhu řešení projektu a efektivnosti využívání prostředků kdykoliv v průběhu realizace projektu i po jeho ukončení. 
2.	Přidělením finančních prostředků příjemci a provedenou kontrolou ze strany poskytovatele není dotčeno oprávnění územních finančních orgánů provádět kontrolu využití finančních prostředků.
3.	Poskytovatel je povinen provádět finanční kontrolu u příjemců podpory podle zvláštních právních předpisů, a to nejméně u 5 % z celkového počtu projektů podporovaných poskytovatelem v daném kalendářním roce, vždy však nejméně u jednoho projektu.
4.	U projektu se provádí podrobná kontrola čerpání prostředků na řešení projektu, která je zaměřena na účelnost jejich vynaložení a rámcové dodržení jejich skladby. Kontroluje se tedy plnění cílů projektu, termínů podle uzavřené smlouvy o řešení projektu, čerpání a využívání podpory, účelnost uznaných nákladů podle uzavřené smlouvy o poskytnutí podpory nebo vydaného rozhodnutí o poskytnutí podpory. Povinností příjemce je tuto kontrolu umožnit.
5.	Kontrola podle odstavce 4 včetně zhodnocení dosažených výsledků a jejich právní ochrany se provádí vždy po ukončení řešení projektu. V případě, že doba, po kterou se poskytuje podpora, je delší než dva roky, je poskytovatel povinen provést kontrolu podle odstavce 4 rovněž nejméně jedenkrát v průběhu řešení projektu.
6.	Po skončení kalendářního roku informuje zadavatel/administrátor poradu náměstků o počtu řešených projektů a objemu vynaložených finančních prostředků ministerstvem na podporu projektů LS programu „Výzkumu pro státní správu“ výzkumu a vývoje. 
7.	Gestor zajistí na úrovni gremiální porady informování své skupiny o výsledcích výzkumu a jejich využití. Kopii této informace o konkrétním využití výsledků projektů postoupí zadavateli/administrátorovi.

G. Dokumentace o řešení projektů
1.	Příjemce je povinen uschovat po dobu pěti let po skončení řešení projektu veškerou dokumentaci týkající se řešení projektu včetně podrobné finanční dokumentace. 
2.	Zadavatel/administrátor uschová doklady týkající se výběrového řízení a hodnocení výsledků řešeného projektu, včetně protokolu v souladu se spisovým a skartačním řádem.
3.	Zadavatel/administrátor spravuje databázi projektů se všemi údaji, které mohou sloužit ke statistickému zpracování a k dalším účelům poskytovatele. Nakládat s daty mohou pouze zaměstnanci k tomu určení.
4.	Poskytovatel, ostatní ústřední správní orgány a Grantová agentura České republiky si vzájemně předávají informace, které slouží k zamezení duplicity financování projektů ze státních prostředků.