Jedná se o období, kdy ústav vedl Mgr. Jan Stárka (ředitelem byl v letech 1996 - 2012). Trestní oznámení bylo podáno na základě podnětu a nápravných opatření, která provedla současná ředitelka Mgr. Blanka Hrudková v souvislosti s poslední realizovanou kontrolou MŠMT, která na zařízení byla realizována. Ta se od svého nástupu věnovala analýze hospodaření organizace za posledních několik let a na základě interních kontrol zjistila a předběžně vyčíslila neprůkazné vedení účetnictví a závažné nedostatky v hospodaření organizace ve výši patnácti milionů korun za poslední tři roky. MŠMT coby zřizovatel přijal před měsícem žádost paní ředitelky o podání trestního oznámení. Po analýze zaslaných dokumentů shledal legislativní odbor MŠMT žádost jako odůvodněnou a pro závažnost celé situace MŠMT rozhodlo podat trestní oznámení.
